Rombongan meninggalkan Pelabuhan Laut San Fransisko Amerika Serikat pada 20 Oktober 1963. Ia diterima dengan hangat oleh Pater Yosef Diaz Vera SVD. Setelah beberapa hari di Soverdi Jakarta,
Pater Niko berpindah ke Surabaya dalam rangka persiapan menuju Ende Flores. Pada 12 Desember 1963 ia bertolak dari Surabaya menuju Ende, Fores dengan kapal Stella Maris.
Dalam perjalanan dari Surabaya mendekati Madura, musibah kebakaran terjadi di bagian bagasi kapal. Seorang karyawan kapal yang marah karena ditegur oleh pimpinan kapal berhubung ia tidak menyusun barang-barang dalam bagasi dengan baik, merasa terhina dan menyulut api secara diam-diam untuk membakar karung-karung kosong yang siap untuk mengisi kopi Hokeng.
Ada tiga misionaris SVD dalam kapal itu yaitu Pater Niko Strawn SVD, Pater Marianus Krol SVD dan Pater Frans Lachner SVD. Ada 6 suster, tiga suster SSpS dan tiga CIJ.
Penumpang lain sekitar 30 orang ditambah para awak kapal. Para awak dan penumpang panik karena banyak barang terbakar. Sejumlah awak kapal bersama kapten melarikan diri dengan motor boat. Tapi api berhasil dipadamkan. Tidak ada korban jiwa. Kapal berhasil dikendalikan oleh stirman satu bernama Kapten Sina.
Kapal diarahkan ke Madura untuk beristirahat sambil menunggu bala bantuan dari kapal lain untuk menarik kapal malang itu ke Surabaya untuk diperbaiki. Kapal akhirnya ditarik kembali ke Surabaya.
Pengalaman pahit yang membekas di hati Pater Niko adalah pada musibah kebakaran kapal itu, ada 16 peti perjalanan misi perdana terpaksa dibuang ke dalam laut. Enam belas peti bekal itu berisi buku-buku, pakaian, obat-obatan dan barang-barang lainnya.
Di atas 16 peti itu Mama Loretta, ibu Pater Niko menempel telapak tangannya sebagai tanda cinta dan dukungan terhadap karya misi anaknya Pater Niko.
Pada 28 Desember 1963 Pater Niko bertolak kembali dari Surabaya menuju Ende dengan Kapal Stella Maris setelah dinyatakan layak beroperasi lagi pasca musibah kebakaran di dekat Madura itu.
Tiga hari perjalanan menelusuri rantai-rantai Sunda Kecil, Bali, Lombok, Sumba, Sumbawa, Flores dan Timor. Pada 31 Desember 1963, Kapal Stella Maris bersandar di Pelabuhan Ende.
